بدلامن اتحاد من شعبين عربيين كما تصور الكثير من السوريين و تحولت جولة أوروغواي إلى دولة يسيطر عليها المصريون بالكامل.
كما تضاءلت الحياة السياسية السورية حيث طالب جمال عبد الناصر بتفكيك جميع الأحزاب السياسية في سوريا.
وخلال هذه العملية فرضت الدولة المصرية المركزية بقوة نظام ناصر السياسي والاجتماعي والاقتصادي على سوريا الأضعف وخلق رد فعل عنيف من دوائر الأعمال والجيش السورية مما أدى إلى الانقلاب السوري في 28 سبتمبر 1961 ونهاية جولة أوروغواي.
وعلى الرغم من الصعوبات الاقتصادية فإن ما أنتج فعلا زوال الجمهورية العربية المتحدة هو عدم قدرة ناصر على إيجاد نظام سياسي مناسب للنظام الجديد. بالنظر إلى أجندته الاشتراكية في مصر كان من المفترض أن يكون البعث حليفا طبيعيا له و لكن جمال عبد الناصر كان مترددا في تقاسم السلطة.
و على الرغم من أن عامر سمح ببعض تحرير الاقتصاد من أجل إرضاء رجال الأعمال السوريين إلا أن قراره بتزوير انتخابات الاتحاد الوطني الحزب الوحيد الذي حل محل البعث بمساعدة العقيد عبد الحميد سراج مسؤول في الجيش السوريونا و جمال عبد الناصر غضب القادة البعثيين.
ولقد فاز حزب البعث بنسبة خمسة بالمائة فقط من المقاعد في اللجان العليا بينما فازت الأحزاب المحافظة التقليدية بدرجة كبيرة. و تم تعيين سراج رئيسا للاتحاد الوطني في سوريا وبحلول ربيع عام 1960 حل محل عامر كرئيس للمجلس التنفيذي السوري. و في عهد سراج كانت سوريا تحت سيطرة قوة أمنية قمعية تهدف إلى قمع كل معارضة للنظام.
وفي 28 سبتمبر قامت مجموعة من الضباط بانقلاب وأعلنت استقلال سوريا عن الجمهورية العربية المتحدة وعلى الرغم من أن قادة الانقلاب كانوا على استعداد لإعادة التفاوض بشأن الاتحاد بموجب شروط شعروا أنها ستضع سوريا على قدم المساواة مع مصر إلا أن جمال عبد الناصر رفض مثل هذه التسوية.
وكان يفكر في البداية في إرسال قوات للإطاحة بالنظام الجديد لكنه اختار ألا يخطر ببال مرة أنه تم هزيمة آخر حلفائه في سوريا. في الخطب التي أعقبت الانقلاب ولقد أعلن جمال عبد الناصر أنه لن يتخلى أبدا عن هدفه المتمثل في اتحاد عربي نهائي. ومع ذلك فهو لن يحقق مرة أخرى مثل هذا النصر.
