الجامع الأموي كما هو موضح في كتاب العجائب و هو مخطوط باللغة العربية في أواخر القرن الرابع عشر
و لقد احتل العثمانيون في عهد سليم الأول دمشق من المماليك في عام 1516 و حضر صلاة الجمعة الأولى باسم سليم في الجامع الأموي من قبل السلطان نفسه.
استخدم العثمانيون نظام الوقف للمواقع الدينية كوسيلة لربط السكان المحليين بالسلطة المركزية و كان وقف الجامع الأموي الأكبر في المدينة حيث كان يعمل فيه 596 شخصا و كانت المناصب الإشرافية والكتابية مخصصة للمسؤولين العثمانيين بينما كانت المناصب الدينية يشغلها في معظمها أعضاء من العلماء المحليين.
و على الرغم من أن الأوقاف كانت خاضعة للضريبة في هذا الوقت فإن أوقاف الجامع الأموي لم يكن خاضعا للضريبة وفي عام 1518
و لقد قام حاكم دمشق العثماني والمشرف على الوقف في المسجد جنبربدي الغزالي بإصلاح المسجد و ترميمه كجزء من برنامج إعادة البناء المعماري للمدينة.
و كان الباحث الصوفي البارز عبد الغني النابلسي يدرس بانتظام في الجامع الأموي ابتداء من عام 1661.
و تعرضت فسيفساء المسجد الواسعة وألواحه الرخامية للنيران مرة أخرى في عام 1893 وكان لا بد من ترميمها.
و كما دمر الحريق النسيج الداخلي لقاعة الصلاة و تسبب في انهيار القبة المركزية للمسجد و لقد قام عامل يشارك في أعمال إصلاح بإشعال النار بطريق الخطأ عندما كان يدخن نارجيلة المعروفة بأنبوب الماء.
استعاد أيضا العثمانيون المسجد بالكامل لكنهم حافظوا إلى حد كبير على الهيكل الأصلي.
و حتى عام 1899 شملت مكتبة المسجد مجموعة قبة الخزنة و لقد تم تسليم معظم مقتنياتها إلى الإمبراطور الألماني ويليام الثاني ولم يبق سوى بضع قطع من المحفوظات الوطنية في دمشق.
ومن المعروف أيضا إنه مكان دفن ثلاثة شهداء من أسطول الطيران العثماني و قد كان الملازم البحري التركي العثماني بحري يوزباشي والمعروف أيضا بإسم فتحي بك وملاحه المدفعية الملازم أول عضو الفريق الملازم الثاني المدفعية و بالتركية العثمانية: توبكو مولازيم سانيه نوري بك و لقد كان هؤلاء الضباط في مهمة استكشافية بين اسطنبول و القاهرة عام 1914.
